En la red dicen que es un problema de Compiz y las tarjetas ATI.
La solución está en:
http://www.issux.com/2007/12/21/totem-y-compiz-parpadeo/
y la repito aquí, no sea que desaparezca el link anterior.
- Pulsar Ctrl-F2 y teclear: gstreamer-properties

- Después, en la ficha vídeo, en el campo Complemento, en lugar de "Detectar automáticamente", seleccionar "X Window System (No Xv)". Cerrar y listo. ¡¡Se acabó el parpadeo!!

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